堀口文男、中田喜三郎、1994:沿岸生態系モデルの福岡湾への適用、資源と環境、Vol. 3, No. 1, pp. 31-45.
堀口文男、中田喜三郎、1994:閉鎖性海域の水質とリン・窒素規制 ー数理モデルによる検討ー、Vol. 3, No. 3, pp. 1-9.
Shin-ichi Sugioka, Takashi Kojima, Kisaburo Nakata, Fumio Horiguchi 1994: A numerical simulation of oil spill in the Ssto-Inland Sea., La mer ,Vol. 32, pp. 295-306.
堀口文男、中田喜三郎、1995:東京湾の水質のモデル解析、海洋理工学会誌、 Vol. 1, No. 1, pp. 71-92.
中田喜三郎、堀口文男、米澤義尭、1996:化学物質の環境濃度予測に関する数値モデル、資源と環境、Vol. 5, No. 1, pp. 19-26.
堀口文男、中田喜三郎、Pill-Yong Lee、Woo-Jeung Choi、Cha-Kyum Kim、寺澤智彦、1998:生態系モデルの鎮海湾への適用、海洋理工学会誌、Vol. 4, No. 1, pp. 81-94.
堀口文男、中田喜三郎、西田壽夫、1998:サイズベース生態系モデルの開発と東京湾への適用、海洋理工学会誌、Vol. 4, No. 1, pp. 81-94.
堀口文男、山本譲司、中根 徹、1999:東京湾における物理場の実時間変動の数値モデル解析、資源と環境、Vol. 8, No. 5, pp. 67-74.
S. Sugioka, T. Kojima, K. Nakata, F. Horiguchi 1999: A numerical simulation of an oil spill in Tokyo Bay., Spill Science and Technology Bulletin, Vol. 5, Issue 1, pp.51-61.
堀口文男、寺澤智彦、2000:低次生態系モデルによる別府湾の水質解析、資源と環境、Vol. 9, No. 2, pp. 59-72.
K. Nakata, F. Horiguchi, M. Yamamuro 2000: Model Study of Lakes Shinji and Nakaumi -A Coupled Coastal Lagoon System., Journal of Marine Systems, Vol. 26, No. 2, pp.145-169.
F. Horiguchi, J. Yamamoto, K. Nakata 2001: A Numerical Simulation of the Seasonal Cycle of Temperature, Salinity, and Velocity Fields in Tokyo Bay., Marine Pollution Bulletin, Vol. 43, Issue7-12, pp. 145-153.